Der dorische Tempel, der Anfang des 5. Jh. v. Chr. erbaut wurde, zählt zu den besterhaltenen Tempeln Griechenlands. Er liegt auf einem Hügel, von dem man einen herrlichen Blick auf die Insel Ägina und den Saronischen Golf hat. Im Museum sind Rekonstruktionen des zweiten Aphaia-Tempels zu sehen, darunter eine polychrome Fassade. Die meisten Skulpturen wurden von Ludwig I. von Bayern erworben. Sie sind in der Glyptothek in München ausgestellt.