Der Chor der Kathedrale Sainte-Marie, der ebenso groß ist wie das Schiff, birgt zwei herausragende Kunstwerke: die Buntglasfenster des aus der Gascogne stammenden Meisters Arnaud de Moles (1460-1520) und das riesige Chorgestühl (113 Stühle aus Eiche, davon 69 hohe, mit einem spätgotischen Baldachin und 1500 Figuren verzierte), an dem 50 Jahre lang gearbeitet wurde. Herrlich ist auch die große Orgel (17. Jh.) von Jean de Joyeuse, deren Klang man während des Festivals von Auch im Juli und August bewundern kann.