Dieses im byzantinischen Stil einschiffig mit Apsis gestaltete Gotteshaus stammt aus der Zeit der Klostergründung und befindet sich auf einem Felsen rund 300 m östlich von der Klosteranlage. Seit über 1 000 Jahren werden hier die Gebeine der Mönche von Batschkowo aufbewahrt. Die hervorragenden Wandmalereien im Narthex wurden von einem aus Georgien stammenden Künstler, Joan Iveropulec (1084), ausgeführt und gelten als ein Meisterwerk der orthodoxen Kunst des Mittelalters.