In diesem Museum, das in dem gotischen Gebäude der Pia Almoina (14. Jh.) untergebracht ist, wird die Geschichte der Region von der Frühzeit bis zum Mittelalter veranschaulicht. Bemerkenswert ist die schöne gotische Galerie und die mit Wandgemälden ausgeschmückte Sala Mayor. In den Sälen der Paläontologie und der Frühgeschichte sind archäologische Fundstücke aus der Region Pla de l'Estany ausgestellt. Unter diesen befindet sich eine Kopie des berühmten Kiefers von Banyoles, eines menschlichen Kieferknochens aus der frühen Altsteinzeit.