Die Exponate des Museums wurden von dem Archäologen Joseph Whitaker auf der Insel in Lilibeo, dem heutigen Marsala, und in der Nekropole von Birgi an der Küste entdeckt. Phönizische und karthagische Keramik und griechische Vasen bilden den Hauptbestand der Sammlungen. Das Prunkstück unter den Skulpturen ist der Ephebe von Mozia, eine edle und stolze Jünglingsfigur mit einem langen, fein plissierten Gewand.