Das Museum ist in zwei Abteilungen unterteilt: die Abteilung Frühgeschichte und Archäologie mit Funden aus der Provinz Burgos aus der Zeit der Frühgeschichte bis zu den Westgoten und die Abteilung der Schönen Künste mit Werken aus der Zeit ab dem 9. Jh. Besonders eindrucksvoll sind ein spanisch-arabischer Elfenbeinschrein, die Urne des Hl. Domenikus, das Grabmal von Juan de Padilla und die Liegefigur von Doña Maria Manuel.