Das Museum befindet sich im mittleren Teil eines großen, modernen Gebäudekomplexes von Juan Navarro Baldeweg. In dem Komplex finden sich auch das Kongresszentrum und ein archäologisches Forschungszentrum. Das Museum ist den archäologischen Fundstätten der Sierra de Atapuerca, der Evolutionstheorie von Charles Darwin und der menschlichen Evolutionsgeschichte gewidmet, es vergleicht den heutigen Menschen mit dem Jäger und Sammler von vor 9000 Jahren und präsentiert die grundlegenden Ökosysteme der menschlichen Evolution: Wald, Savanne und Tundra-Steppe.