An der Rückseite eines Gartens findet man die Kirche San Francisco mit ihrer Barockfassade aus dem 17. Jh. Sie ist erheblich schlichter als die Kathedrale und war wahrscheinlich das erste christliche Gotteshaus, das in Peru errichtet wurde. In der Nähe des Hauptaltars befindet sich der Eingang zu den Katakomben. Auch das angrenzende Kloster kann man besichtigen. Es wurde an dem Standort eines Tempels oder Palastes errichtet, den die Spanier Fuente del Inca nannten.