Das Archäologische Museum ist in der ehemaligen Kirche San Francesco untergebracht. Die Kirche bildet den Rahmen für eine harmonische Szenographie, die die reiche Vergangenheit des antiken Kydonia illustriert. Man entdeckt Schmuck, großartige bemalte Tonsarkophage, Stierfiguren aus Tsiskiana, kretische Münzen, ein Mosaik aus der römischen Epoche sowie minoische Objekte.