Auf den ersten Blick weist die Anlage die für Franziskaner-Bauten typische Strenge auf, doch die Kirche verbirgt hinter ihrer schlichten Fassade einen prachtvollen Altar aus dem 16. Jh. Die Gewölbe sind mit wunderschönen Fresken verziert, genauso wie die in der Sala de Profundis, wo die ersten Franziskanermönche der Neuen Welt abgebildet sind. Im Haupthof wird von vier kunstvollen Kapellen (Capillas Posas) eingefasst.