Das rings um den Kreuzgang angelegte Museum wurde vergrößert und zeigt Dokumente und Gegenstände zur Geschichte der Diözese. Im ehemaligen Refektorium sind romanische und gotische Wandmalereien ausgestellt, die aus den Kirchen der Region stammen. Ein weiterer Raum ist den herausragenden Fresken der Kirche von Bagüés gewidmet, dem größten Ensemble romanischer Malereien Spaniens. Der Besuch umfasst auch Säle, die der Gotik, der Renaissance und dem Barock gewidmet sind.