Das Museum besitzt zwei Abteilungen: Archäologie und Schöne Künste. Erstere beherbergt bedeutende archäologische Funde Spaniens, darunter eine Gruppe iberischer Steinskulpturen aus Porcuna aus dem 6. Jh. v. Chr. sowie das wundervolle Mosaik von Bruñel und den Sarkophag von Martos, ein frühchristliches Meisterwerk. In der zweiten Abteilung sind Gemäldesammlungen von Berruguete, Alonso Cano, José und Federico de Madrazo, Mariano Benlliure und Antonio López untergebracht.