Das Museum, das sich in einer neoklassizistisch anmutenden ehemaligen Bank (1935) befindet, ist dem kulturellen Austausch zwischen Asien und dem Westen gewidmet. Es verfügt vor allem über seltene Nanban-Gemälde (16. und 17. Jh.). Diese meist auf Wandschirmen oder Papierrollen ausgeführten Arbeiten sind von der Renaissance-Kunst inspiriert, die die Missionare mitbrachten. Sie sind sehr empfindlich und werden deshalb nur von Ende Juli bis Anfang September gezeigt. In der übrigen Zeit muss man sich mit Faksimiles und den archäologischen und stadtgeschichtlichen Sälen begnügen.