Im Untergeschoss der Fundação Millennium wurden Spuren aus der Römerzeit entdeckt. Ein Museumsbereich veranschaulicht die Geschichte der Baixa seit dem 7. Jh. v. Chr. Interessant ist die Überlagerung der verschiedenen Schichten bis zum Grundwasserspiegel. Hier befanden sich nacheinander eine Keramikwerkstätte, eine Nekropole und schließlich eine Hafenzone. Bemerkenswert sind ein Mosaik aus dem 3. Jh. und ein Ofen aus der Zeit der maurischen Herrschaft.