Das Museum befindet sich in einem beeindruckenden modernen Gebäude, das extra vom Architekten Rafael Moneo für die Ausstellung der reichhaltigen archäologischen Sammlungen von Mérida entworfen wurde. Auf den oberen Etagen, in denen Schmuckstücke, Geldstücke und Töpferwaren ausgestellt sind, kann man aus der Nähe herrliche Mosaike bewundern. Im Untergeschoss befinden sich die Ausgrabungen (Überreste römischer Häuser, Gräber), auf denen das Gebäude errichtet wurde.