Die Kathedrale von Mérida dominiert den Zócalo. Die Fassade ist nicht verziert und wird von zwei Glockentürmen begrenzt. Das Gebäude aus dem Jahr 1598 hat die Schrecken der Geschichte überdauert. Während der mexikanischen Revolution wurde sie geplündert, weshalb das Innere relativ schmucklos ist. In der Kapelle links vom Altar befindet sich dennoch eine sehenswerte Statue des Cristo de las Ampollas, die bis heute verehrt wird. Die Unabhängigkeit Mexikos hat auch in dieser Kathedrale ihre Spuren hinterlassen: die spanischen Waffen, die einst die Fassade zierten, wurden durch den mexikanischen Adler ersetzt.