Das Trojankloster gliedert sich in zwei Höfe mit hohen, weiß gekalkten und mit Schieferdächern bedeckten Säulengängen. Die gesamte Klosteranlage wirkt beeindruckend. Der Revolutionär Vasil Levski (1837-1873) fand in dem Kloster Zuflucht. Einige Räume sind in ein kleines Museum umgestaltet, die an diese Zeit erinnern. Besonders bemerkenswert ist das Fresko des Löwen und des Elefanten von Zahari Zograf (1810-1853), der auch die Fresken in der Kirche schuf. Zu den Höhepunkten des Innenraums gehören die holzgeschnitzte Ikonostase (1839) von Petar Rezbar und Nikola Mateev und die Ikonen von Dimitar Zograf (1796-1860).