Geht man durch den rechten Arm des Querschiffs, öffnet sich zur Rechten eine Tür, hinter der eine Stiege zur Krypta hinabführt. Diese beherbergt das Grab des Grafen Dom Alfonso. Es ist aus weißem Kalkstein in einem sehr blumigen gotischen Stil ausgeführt. Die liegende Figur wird dem Bildhauer Diogo Pires dem Älteren zugeschrieben.