Der spätgotische Kreuzgang aus dem 14. Jh. besteht aus leicht hufeisenförmigen Arkaden, die auf schlanken Doppelsäulen ruhen. An den sehr verschieden gestalteten Kapitellen sind Jagdzenen, Figuren, Tiere oder Symbole dargestellt. In dem angrenzenden Kloster San Francisco soll das Stadtarchiv eingerichtet werden. Hierfür werden zurzeit umfangreiche Renovierungsarbeiten ausgeführt.