Das Museum ist in den beiden Kirchen Santo Antonio dos Frades und dos Terceiros (Mitglieder des Franziskanerorden) sowie angrenzenden Gebäuden untergebracht. Besonders sehenswert sind die spanisch-arabischen Azulejos aus dem 16. Jh. und die Kirche dos Terceiros mit ihren einzigartigen Holztäfelungen. In der Abteilung für sakrale Kunst rund um den Kreuzgang sind Ornatstücke und alte Statuen zu sehen.