Wie alle Kirchen weiblicher Kongregationen wird die Kirche Santa Clara von der Seite betreten. Die 1606 erbaute Kirche birgt ein erstaunliches Inneres. Der Chor, in dem die Ordensschwestern der Messe beiwohnten, ist durch ein äußerst kunstvoll gearbeitetes schmiedeeisernes Gitter vom Kirchenschiff getrennt. Die seitlichen Retabel sind mit feinen Schnitzereien und Blattgold verziert und zeigen die ganze Fülle des Churriguerismus. Leider fehlt der Retabel des Hauptaltars, der der neoklassizistischen Mode zum Opfer fiel.