In dem von Arkaden umgebenen Innenhof geht man über die große Treppe ins Obergeschoss, wo sich das eigentliche Krankenhaus befand. Der große zweiteilige Krankensaal war mit knapp hundert Betten ausgestattet. Zu den größten Kostbarkeiten des Archäologischen Museums, das Fundstücke aus Ausgrabungen der Insel aus der italienischen Zeit, Grabstelen und Statuen aus der hellenistischen Zeit der Schule von Rhodos und römische Mosaike zeigt, zählt die Aphrodite von Rhodos aus dem 1. Jh. v. Chr.