Die erste Mission in Kalifornien mit ihrer strahlend weißen Fassade und dem charakteristischen Glockenturm mit fünf Glocken steht etwas abgelegen am Nordhang des San Diego River-Tals. Die Mutter aller Missionen ist nach St. Didacus von Alcalá benannt, einem spanischen Franziskanermönch aus dem 15. Jh., der über wunderbare Heilkräfte verfügte. 1769 wurde die Station auf dem Presidio Hill gebaut, 1774 aber hierher verlegt. 1775 wurde sie während eines Aufstands von Kumeyaay-Indianern niedergebrannt und geplündert. Ein größerer Bau, umgeben von hohen Lehmziegelmauern, wurde 1776 fertiggestellt. 1813 wurde eine neue, größere Kirche im Adobe-Stil mit Befestigungen zum Schutz gegen Erdbeben erbaut. Zu ihren Glanzzeiten, im Jahr 1824, lebten hier 1.829 Neubekehrte. Die spärlich möblierte Casa del Padre Serra ist der einzige erhaltene Teil des ursprünglichen Klosters. Das Innere der Kirche wurde 1931 im Stil von 1813 restauriert und in Ermangelung großer Bäume für die Deckenbalken nur 11 m breit und 46 m lang gebaut. Einige der Balken, Lehmziegel im Bogen der Taufkirche, und die dunkleren Bodenfliesen wurden aus der Kirche von 1813 gerettet. Im Altarraum ist besonders das Gemälde von St. Didacus aus dem 18. Jh. sehenswert, das vor dem Brand von 1775 gerettet wurde, sowie die handgeschnitzten Holzstatuen, die aus der frühen Zeit der Mission erhalten sind. Das Missionsmuseum hinter der Kirche beherbergt Artefakte, die bei Ausgrabungen auf dem Gelände gefunden wurden.