Die Ruinen einer großen Steinkirche verleihen der siebten kalifornischen Mission eine geheimnisvolle und romantische Atmosphäre und bilden den Mittelpunkt des stillen Städtchens San Juan Capistrano. Diese Mission wurde auch als Juwel unter den Missionen bezeichnet. Gegründet wurde sie 1775 von Padre Junípero Serra. Der Eingangshof der Mission wird von den Ruinen der großen Steinkirche dominiert, die 1812 durch ein Erdbeben zerstört wurde. Das 20 m hohe Dach war mit sieben Kuppeln und einem Glockenturm verziert, dessen Glocke man noch in 16 km Entfernung hören konnte. Die vier ursprünglichen Glocken hängen heute in einer niedrigen Mauer neben der Ruine. Im Westflügel des mittleren Hofs sind Exponate zur Geschichte von San Juan Capistrano ausgestellt. Im Ostflügel befindet sich die ursprüngliche Kapelle aus dem Jahr 1776. Die Barockaltaraufsätze aus dem 17. Jh. stammen aus Barcelona und wurden 1924 hierher gebracht.