Das Museum befindet sich seit 2013 unter dem Mercado del Este und erläutert die Entwicklung der Kultur und der Lebensweisen von der Altsteinzeit bis ins Mittelalter anhand von Funden aus rund 50 prähistorischen Höhlen Kantabriens. Die reichste Epoche ist die des Jungpaläolithikums. Man sieht Reste von Tieren, Möbel, Werkzeuge, Keramikarbeiten, Münzen sowie große Grabstelen, die als rätselhafte Wahrzeichen der kantabrischen Kultur aus vorrömischer Zeit gelten.