Das Museo Nacional del Virreinato (Museum des Vizekönigreichs) befindet sich in einer großen Kirche, die für die Jesuiten und Franziskaner, die sich seit dem 16. Jh. in Tepotzotlán niedergelassen hatten, Glaubens- und Kulturzentrum zugleich war. Mit den vielen verschiedenen Gebäuden (der Kirche San Francisco Javier, den Kreuzgängen und Kapellen) ist das Museum eine wahre Schatzkammer für Kunst aus der Kolonialzeit und bietet dem interessierten Besucher fantastische Kunstwerke und Gebrauchsgegenstände aus dieser Epoche.