Die Ruinen von Phylakopi, dem jungsteinzeitlichen Milos, liegen auf der östlichen Seite des nahegelegenen Hügels verstreut. Die erste Hauptstadt der Insel und wahrscheinlich ehemalige Kolonie Kretas entwickelte sich ab der Mitte des 3. Jahrtausends v. Chr.. Es handelte sich um eine sehr fortschrittlich organisierte Stadt, die 3 500 Jahre lang prosperierte bevor sie von den Dorern zerstört und im 11. Jh. v. Chr. verlassen wurde. Man findet hier minoische und aus späterer Zeit auch mykenische Einflüsse.