Das Kloster des Boromäus war wahrscheinlich das älteste Kloster im Wadi an-Natrun. Der hl. Makarios soll es um 330 gegründet haben, noch vor dem Kloster, das seinen Namen trägt. Die der hl. Jungfrau geweihte Kirche aus dem 9.-11. Jh. ähnelt der Kirche des Klosters der Syrer. Das Mittelschiff zeigt schöne Fresken (13.-14. Jh.): die Verkündigung, die Heimsuchung, die Geburt Jesu, Die Taufe, die Hochzeit zu Kanaan und den Einzug nach Jerusalem.