Die Große Moschee wurde 1773 von Hamengkubuwono I. erbaut und seitdem nicht verändert. Die Moschee, die in enger Verbindung zum Kraton steht, wird von einem Würdenträger, dem Pangulu, geleitet; dieser wiederum wird aus dem Kauman, dem angrenzenden islamischen Viertel, gewählt. Vor dem riesigen Gebetssaal befindet sich eine lichtdurchflutete Eingangshalle mit italienischem Marmorboden. Das dreifache Dach ist ein typisches Merkmal der javanischen Architektur und ruht auf einem eindrucksvollen Gebälk, das von 36 Säulen aus Teak-Holz gestützt wird.