Das Museum, das der Biologie, Geologie, Archäologie und Astronomie gewidmet ist, zeichnet auch die Geschichte Yorks von der Eroberung durch die Römer über die Wikingerzeit bis ins Mittelalter nach. Die kostbarsten Stücke sind das Middleton Jewel und der Middleton Ring. Eine Abteilung ist dem Benediktinerkloster St Mary's Abbey (1088) gewidmet. Sehenswert ist zudem die Sternwarte im Garten mit ihrem Teleskop aus dem Jahr 1850 und einer Uhr, die die offizielle Uhrzeit der Stadt festlegte - 4 Min. und 20 Sek. nach Greenwich Mean Time.