Die königlichen Schiffe bildeten das "Tajo-Geschwader". Sie dienten dazu, die königliche Familie und ihre Gäste vom Palast zur Casa del Labrador zu befördern. Das Museum zeigt sechs Schiffe: Sie gehörten Karl IV. (Gemälde von Maella), Isabel II., Alfons XII. (aus Mahagoni), Maria Cristina (Wandteppiche nachahmende Gemälde) und Alfons XIII. Das Schiff Philipps IV., ein Geschenk eines venezianischen Grafen, war noch reicher mit geschnitztem und vergoldetem Holz verziert als die anderen.