Das MAEC präsentiert auf vier Etagen die Geschichte der Stadt von der Bronzezeit bis in die Gegenwart. Die bedeutendsten Sammlungen betreffen die etruskische Epoche und erinnern daran, dass Cortona einer der reichsten Stadtstaaten Etruriens war. Weiterhin zeigt das Museum eine interessante Sammlung an ägyptischen Objekten sowie Gemälde und Keramiken aus dem 14. bis 18. Jh.