Das Museo Histórico Regional veranschaulicht die Geschichte Cuzcos von der prähistorischen Zeit über die Vor-Inka- und die Inka-Epoche bis zur Periode des Vizekönigtums. Am interessantesten sind die Gemäldesammlungen mit Werken im Stil der Schule von Cuzco im Obergeschoss, darunter eine Bilderserie von Diego Quispe Tito zum Thema des verlorenen Sohns, tenebristische Werke von Juan Espinoza de Los Monteros oder indigenistische Barockbilder von Marcos Zapata.