Das Museo de Pintura enthält Arbeiten der Venezianischen Schule des 16. Jh.s, (Verkündigung von Veronese, Anbetung der Hirten von Tintoretto) sowie Werke von Tizian. Van Dyck und Rubens sind ebenso vertreten wie Luca Giordano, Zurbarán, Ribera... Das Martyrium des hl. Mauritius und der Thebäischen Legion von El Greco missfiel Philipp II. wegen der eigenwilligen Komposition. Dokumente zum Bau des Klosters werden im Museo de Arquitectura gezeigt.