Die Crypte St-Paul und die Crypte St-Ébrégésile lagen früher unter der Erde und waren im 17. Jh. miteinander verbunden. Heute erheben sie sich hinter der Kirche von Jouarre und enthalten merowingische Kapitelle und Gräber. Die Erstgenannte (7. Jh.) ist eines der ältesten sakralen Baudenkmäler Frankreichs. Sie birgt das schöne Grab des hl. Agilbert, Bischof von Paris, und das reicher geschmückte Grab seiner Schwester, der hl. Theodechilde. Die zweite Krypta ist eine kleine romanische Kirche, in der der Sarkophag von Bischof Ébrégésile aufbewahrt wird.