Das Museum befindet sich in der alten Fischhalle (1910), in der nautische Instrumente, Marinebilder, Schiffspläne, Logbücher und Schiffsmodelle ausgestellt sind. Ebenfalls zu sehen sind die Kieler Hansekogge, der Nachbau eines im Mittelalter verwendeten Handelssegelschiffs, sowie das Ellerbeker Fischerboot von 1910, mit dem die Kieler bis 1950 im Frühling auf Herings- und Sprottenfang gingen und im Sommer Aal und Makrele fischten.