Die aus Knochen geschnitzte Neandertaler-Flöte ist zweifellos das bedeutendste Stück des Museums. Das Nationalmuseum von Slowenien ist das älteste des Landes und zeigt das kulturelle und natürliche Erbe anhand Sammlungen prähistorischer Kunst, ethnologischer Sammlungen und Sammlungen über die Tier- und Pflanzenwelt.