Das Kloster wurde 1611 von Margarethe von Österreich in der Nähe des alten Alcazar (mit dem es über einen Gang verbunden war) gestiftet und stand daher in der Gunst der königlichen Familie. Aus diesem Grund verfügt es auch über eine große Kunstsammlung, die v.a. Bilder der Madrider Schule aus dem 17. Jh. enthält sowie eine eindrucksvolle Reliquiensammlung (mehr als 1.500), darunter die Ampulle mit dem Blut des Heiligen Pantaleon, das sich der Sage nach an jedem 27. Juli verflüssigt.