Die Domitilla-Katakomben sollen ursprünglich die private Grabstätte Domitillas, der Nichte des Kaisers Domitian (81-96), aus der wohlhabenden Familie der Flavier gewesen sein. Im Jahr 95 wurde der Ehemann Domitillas, Flavius Clemens, als Christ denunziert und auf Befehl Domitians erschossen. Domitilla wurde auf die Insel Pandataria (heute Ventotene) verbannt. In den Katakomben befindet sich die Basilica dei Santi Nereo e Achilleo, die zwischen 390 und 395 erbaut wurde.