Das Baptisterium wurde wie die Basilika im 4. Jh. von Konstantin gegründet. Heute bildet es den Rahmen für die Karsamstagszeremonien. Sixtus III. ließ die Taufkapelle im 5. Jh. neu errichten. Er ließ im Zentrum die acht Porphyrsäulen aufstellen und auf dem achteckigen Gesims Verse zur Taufe anbringen. Die obere Kolonnade und die Laterne wurden im 16. Jh. hinzugefügt. Verschiedene Päpste versahen das Baptisterium mit Kapellen, und im 17. Jh. erhielt es unter Urban VIII. sein heutiges Äußeres. Die Fresken stammen ebenfalls aus dieser Zeit.