Das Fundament der spanischen Kolonialgeschichte in Alta California liegt auf der Spitze dieses Hügels, von dem aus man eine wunderbare Aussicht über San Diego hat. Der schön angelegte Park enthält ein Geschichtsmuseum und archäologische Funde aus den ersten europäischen Siedlungen an der Westküste. 1769 kamen die beiden Säulen der von Gaspar de Portolá und Junipero Serra angeführten Sacred Expedition auf dem Land- und dem Seeweg. Sie markierten den Hügel als Standort für die Mission und den Presidio. Soldaten bauten Holzpalisaden, während Serra im benachbarten Dorf Cosoy auf die Kumeyaay-Indianer traf. Obwohl die Mission 1774 verlegt wurde, blieb das Royal Presidio bis in die mexikanische Zeit hinein eine aktive militärische Einrichtung. Unmittelbar um die Festung herum bildete sich eine kleine Siedlung. Mit der mexikanischen Unabhängigkeit im Jahr 1821 wurde die Festung verlassen und die Bewohner zogen ins Tal, wo sie die Old Town gründeten. In den ersten Jahrzehnten des 20. Jh.s kaufte George White Marston systematisch einen großen Teil von Presidio Hill und ließ das Gelände mit fast 10.000 Bäumen und Sträuchern bepflanzen. Außerdem gab er den Bau des Junípero Serra Museum in Auftrag. 1929 übergab Marston Park und Museum der Stadt San Diego als Geschenk.