Die Santa Clara de Asís Mission wurde 1777 am Ufer des Guadalupe River errichtet. Sie war als achte Kalifornische Mission gegründet worden und wurde 1781 an ihren heutigen Standort verlegt. Pater Junápero Serra legte den Grundstein für eine Lehmziegelkirche, die 1784 fertiggestellt wurde. Die Mission florierte, bis sie 1812 bei einem Erdbeben zerstört wurde. 1814 wurde eine neue Kirche errichtet, die später als Gemeindekirche diente. Diese zweite Kirche brannte jedoch 1926 nieder. Die heutige Kirche ähnelt dem originalen Lehmsteingebäude. Neben dem Kampanile erhebt sich die Kirche, deren Fassade von Heiligenstatuen geziert wird. Die Tonziegel auf dem Dach stammen von den früheren Gebäuden der Mission. Gegenüber dem Haupteingang steht das mit Redwood ummantelte Holzkreuz aus dem Gründungsjahr der Mission. Das Deckengemälde in der Kirche ist eine Nachbildung des Originals des Künstlers Augstín Davila. In der St. Francis Chapel sind die originalen Wände, Decke und Fußboden erhalten.