Kaiser Justinian (6. Jh.) ließ diese Basilika gleich unterhalb der Zitadelle zu Ehren des heiligen Johannes errichten. Nach seiner Rückkehr aus der Verbannung in Patmos soll der Apostel hier sein Evangelium verfasst haben, bevor er starb. Die Überreste der Johanneskirche mit ihren drei Schiffen und dem durch eine Apsis abgeschlossenen Querschiff vermitteln eine Vorstellung von den frühbyzantinischen Kirchenbauten. Sie war aber auch mit Kuppeln bekrönt, was eine zukunftsweisende Neuerung war.