Die Jesus-Kirche wurde 1491 nach einem Entwurf Boytacs aus Marmor von Arrabida erbaut. Sie ist das erste Beispiel des manuelinischen Stils. Die Wände sind teilweise mit Azulejos aus dem 17. Jh. ausgekleidet. Das Museu de Setúbal ist im Kloster untergebracht. Die Galerien im Obergeschoss beherbergen eine bedeutende Sammlung frühportugiesischer Maler (15.-16. Jh.). Die Bilder stammen von einem unbekannten Maler, dem so genannten "Meister des Altaraufsatzes von Setubal".