Das Naturkundemuseum (Muséum d' Histoire Naturelle) wurde 2008 nach zehn Jahren Umbauarbeiten wiedereröffnet. Es befindet sich im Jardin des Plantes südlich der Allées Jules-Guesde, die an der Grenze der historischen Stadt liegen. Hier werden bedeutende naturkundliche, insbesondere ornitholoigische, vorgeschichtliche und ethnographische Sammlungen gezeigt, die insgesamt 2,5 Millionen Exponate umfassen.