Gegründet wurde die Universität 1477 von Erzbischof Jakob Ulvsson, der Uppsala damit zu dem intellektuellen Zentrum des Landes machte, das es bis heute geblieben ist. Die zunächst von der katholischen Kirche verwaltete Hochschule bildete die zukünftigen Mitglieder des Klerus aus. Dann übernahm das Luthertum, und später wurde die Universität konfessionell ungebunden geführt. Die heutigen Gebäude wurden 1887 eingeweiht. Im Park befinden sich mehrere Runensteine sowie ein Denkmal für den Historiker und Dichter Erik Gustaf Geijer, der von 1816 bis 1847 an der Universität wirkte.