Dieses Museum beherbergt die von der Universität seit ihrer Gründung im Jahr 1636 zusammengetragenen Sammlungen: anatomische Objekte und Wachsmodelle, Sammlungen für Zahnmedizin und Augenheilkunde, ausgestopfte Tiere, Fossilien und Skelette (Kuriositätenkabinett) sowie ein Standard-Meter und -Kilogramm. Für Kinder wurde ein eigenes Labor (Jeugdlab) eingerichtet. Hinter dem Museum befindet sich ein botanischer Garten (Oude Hortus) aus dem Jahr 1724.