Der Besuch beginnt im ersten Stock mit dem Meisterwerk des Museums: dem Heiligen Sebastian von Andrea Mantegna. Auch wenn es zwei andere Gemälde des Malers mit diesem Motiv gibt, so ist die Version in der Galleria Franchetti, obwohl unvollendet, sicherlich die bewegendste. Der große Portego (Empfangshalle) ist auf der Seite zum Canale Grande hin mit einer schönen Loggia versehen. Man findet hier eine reiche Sammlung mit Werken von Vittore Carpaccio, Luca Signorelli, Jacopo del Sellaio, aber auch Tizian, Tintoretto und Van Dyck.